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皖南医学院初步形成以医学为主、多学科协调发展、布局合理、特色鲜明的多层次办学格局。学校为安徽省博士学位授权立项建设单位，临床医学学科进入ESI全球排名前1%。现有本科专业28个、专科专业2个，涵盖医、理、工、管、经、法6 个学科门类，其中国家级特色专业1 个、省级特色专业9 个、省级一流专业6个、国家级专业综合改革试点专业1 个、省级专业综合改革试点专业11 个。