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学校前身是创办于1941年的江西省立赣县高级助产职业学校，1947年更名为江西省立赣县高级医事职业学校，1958年设置为专科建制的赣南医学专科学校，1988年升格为本科院校并更名为赣南医学院，2013年获批为硕士学位授予权单位，2023年11月经中华人民共和国教育部批准同意，更名为赣南医科大学。